A sua obra é vasta e decisiva na História da Matemática europeia do século XVI. Marca a ciência do seu tempo nas áreas da Geografia, Geometria, Astronomia, Cosmografia e Náutica, e Matemática. Como tónica principal, vemos uma capacidade do autor em recolher o conhecimento do passado estudando aprofundadamente os autores clássicos e seus predecessores próximos mas com uma atitude de grande exigência, reflectindo sobre os problemas das várias áreas: geografia, cosmografia, geometria, álgebra. Contudo, não se limitando a ser justo herdeiro do saber passado, Pedro Nunes faz comentários e anotações procurando corrigir os erros das obras chegadas até ele.
